Decaduta la casa Sveva con la morte di Federico II il 13 Dicembre 1250, salì al trono nel 1309 Re Roberto D'Angiò detto il Saggio. Questi sancisce con un decreto l'esistenza di undici Chiese e tra queste anche Santa Caterina, eretta canonicamente nel 1334, facendo rifiorire l'annesso Monastero trecentesco. Nel 29 Giugno 1525 il Monastero fu ridotto a clausura. In seguito fu sede di Tribunale delle Dogane delle Pecore di Puglia, accordato a Lucera dagli Aragonesi.
Originariamente Santa Caterina era di stile Gotico; col passare del tempo ci sono stati radicali lavori di trasformazione che hanno fatto sparire completamente il bel Gotico d'origine dando luogo ad uno scadente Barocco. Bellissimo, invece, si erge sul retro il piccolo campanile che conserva intatte le linee inconfondibili del primitivo Gotico dell'intero edificio sacro.
Al campanile si vanno ad aggiungere, in parte, splendidi capolavori d'arte, come la tela di S. Scolastica, S. Antonio da Padova, S. Lorenzo, S. Piercelestino Papa e la Pala dell'Assunta, attribuiti a Francesco De Mura del sec. XVIII, come anche di notevole valore artistico è la statua lignea di S. Benedetto di Norcia, opera di Giacomo Colombo del sec. XVIII, autore anche delle statue lignee dell'Immacolata (commissionata dal Padre Maestro) e del San Francesco di Assisi venerato nella chiesa-santuario di San Francesco in Lucera.
Il Monastero di Santa Caterina rimase vuoto dal 1863. Sola la parte aggiunta in un secondo momento per collegare il Monastero alla Chiesa, fu messa a disposizione di Mons. Giuseppe Di Girolamo, Vescovo della Diocesi di Lucera, il quale ne curò gli opportuni restauri col contributo dei cittadini.
Nel 1930 decise di utilizzarlo insieme all'attigua Chiesa come sede della comunità dei Padri Giuseppini del Murialdo, mentre i locali orientali del Monastero furono adibiti per gli sfollati ed i senza tetto dalla seconda guerra mondiale ad oggi. Tra i Giuseppini del Murialdo vi era allora un chierico, Padre Angelo Cuomo (n. 13/8/1915 - m. 2/01/1990). Questi edificò l''Opera Nuova' nel 1953, sede attuale dei Giuseppini, ma in cuor suo ha sempre meditato amore per Santa Caterina, della quale ne curò il culto fino al 1989; ma dopo la sua morte improvvisa, inaspettatamente il 4 aprile 1991 venne decretata la chiusura di Santa Caterina a causa del tetto pericolante.